소화기외과는 위장, 십이지장, 소장에 생기는 질환의 상부위장관 분야와 대장, 항문에 생기는 모든 양성질환 및 암을 진단하고 치료하는 대장항문 분야로 구성되어 있다. 상부위장관 분야에서는 위암, 위궤양, 십이지장궤양, 십이지장게실, 장중첩 등 다양한 질환을 진료하며 대장항문 분야에서는 최근 서구화된 식생활의 영향으로 점차 늘어가는 대장 직장암의 검사와 치료를 담당하며 그 외에도 항문 양성 질환인 치질(치핵), 치루, 항문주위 농양, 치열, 직장탈장, 만성 변비 및 궤양성 대장염, 크론씨 등을 치료한다.